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對此，審計部官員回應指出，首長特別費明定是「因公務所需」的費用，不是個人薪資的一部分，既然是公務所需，沒有用完的部分也仍然是公款，自然應該繳回國庫，不能落入私人口袋，這是全國公務人員都應懂得的道理。

審計部稱公款必繳回

審計部官員說，首長特別費要怎麼編列、怎麼用，是行政院的規定，審計部只是負責查核，台北市府官員連這點都搞不懂，弄錯對象，顯然是對政府體系的運作，還欠缺一些了解。

對捐款仍遭批評，馬英九表示，會有這些批評他早就預料到，但還是要做，目的就是要凸顯行使幾十年的制度，因為被不當操作，使得公務員有被陷於不義的可能。

馬英九昨南下高市替黨籍市議員選將站台時也說，把不需單據的特別費匯到私人帳戶（註：馬逃避它把特別費入私帳後竟拿去申報個人所得稅的死穴），這是行政院規定、不是他自己要求的，如果這樣就變成貪污，全國六千五百位政府首長豈不都有貪污嫌疑。

對捐錢被說成「贓款」，馬則表示，「政務官支領的特別費難道都是贓款嗎？」這種沒有良心的說法不是一個好的示範。

馬英九指出，既然制度要改，他就率先推動，實際上他已經在9月開始，把不需單據核銷的部分全部提領出來，放在秘書那邊，用一筆就核銷一筆；至於以前的，他已經花了很多， 但不管，他當作從來沒花過一樣，拿出來捐。

馬英九說，他個人的個性風格一向清楚，一路走來、始終如一、公私分明，他的特別費，不論是否需要核銷，都是用在公務和公益的支出上。

馬強調，他不是要保官位，而是要符合比例原則，如果一個小科員的疏失，行政首長就要辭職，明顯不符比例原則。