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這份調查報告指印尼於一九七五年至一九九九年軍事佔領東帝汶二十四年期間，曾透過直接屠殺、饑餓、使用生化武器及其他手法企圖滅絕東帝汶人，遭到屠殺的多達十八萬七千餘人，其中包括一九九九年八月全民公決前後遇害的一千五百名獨派人士，調查報告是東帝汶真相與和解委員會花三年時間進行調查後所編制的。

東帝汶總統古斯茂昨天向聯合國秘書長提交調查報告後表示，這份調查報告未提交聯合國前，已交給東帝汶國會討論，政府沒有對真相與和解委員會所展開的調查工作作出干預，只提供各種利便而已。

古斯茂說，他向聯合國提交這份調查報告旨在向世界公開曾在東帝汶發生的違反人權事件真相，並促使國際社會日後要制止類似事件重演。他強調，無意要求聯合國（對印尼）採取任何制裁步驟。

在此之前，印尼與東帝汶政府之間已達致諒解，決定不再對過去在東帝汶發生的侵犯人權事件加以追究，兩國去年六月聯合成立的友好與真相調查委員會，雖將對這些事件展開調查，但對調查結果不再作法律上追訴。

東帝汶向聯合國提交該國真相與和解委員會的調查報告，已被雅加達方面視為違反了兩國政府曾作出「不回顧過去、只向前看」的承諾，並且不利於日後兩國開關係之發展。

蘇達梭諾對調查報告的內容加以駁斥，指與事實不符，並說這是自一九七五年以來外國方面散佈的舊話題；總統府發言人迪諾表示，調查報告內容過於片面；國會人士則指出，可能是東帝汶方面欲藉此轉移日前三名印尼公民在邊界遭東帝汶軍隊殺死事件；輿論多認為，東帝汶的動作對正在修好中的兩國關係有損無益。